Монастырь основан в первой половине XV века преподобным Макарием Желтоводским и Унженским. Желтоводским назван по Жёлтому озеру, на берегу которого святой Макарий основал обитель. Волга, меняя своё русло, со временем поглотила озеро и монастырь оказался на волжском берегу.

Престол центрального собора освящён, в честь Святой Троицы, поэтому монастырь именуется Троицким.

Основание Макарьевского монастыря В 1620 году Муромский инок Авраамий (в миру Алексей), ища отшельничества, а может, и пущей славы - кто знает - пришел в эти края, чтобы основать тут монастырь. Авраамий происходил родом из Мурома. Видимо, он с самого начала преследовал крайне амбициозные цели. Чтобы о монастыре узнали «на самом верху», а также для того, чтобы закрепить свое право владеть этой землей, он предпринял гениальный ход. Он знал, что дом Романовых с особым почтением относится к Макарию Унженскому, как и патриарх Филарет. Авраамий стал спрашивать местных, а не связаны ли эти места с деятельностью Макария? Как мы уже знаем, никто ничего не помнил, кроме некоего безымянного рыбака. Впрочем, «расспрос» был проведен для чистой проформы: все и так было уже решено, и Желтое озеро объявили местом подвига Макария. Из Макарьевского монастыря на Унже люди Авраамия перенесли образ Макария.